Entre los motivos que han llevado a la sala a inhibirse en favor de la Audiencia Nacional está la "trascendencia de los hechos para el sistema financiero español" y las "posibles consecuencias para la economía nacional", según indica en el auto la magistrada Mercedes Gutiérrez.

La juez también argumenta que podría “afectar a una generalidad de personas en el territorio de más de una audiencia" y recuerda que la Audiencia Nacional ya investiga a otras entidades financieras, como las Cajas de Ahorros de Castilla La Mancha y del Mediterráneo. Según Mercedes Gutiérrez, “el importante y conocido quebranto patrimonial” que ha tenido lugar en la entidad exgie al menos la apertura de una investigación.

En la querella, Manos Limpias acusa al anterior gobernador del Banco de España de imprudencia grave por no haber controlado debidamente el proceso de fusión en Bankia. Además, denuncia a los ex presidentes de la entidad, Rodrigo Rato y Miguel Blesa, por presuntos delitos societarios y de estafa.